私は，hyperref.sty を使用したことがありませんから，
確かなことは申しかねます。
下は，一考察です。

ご指摘の現象は，emath とは，かかわりのないことのように思われます。

下のリストは1行野郎で，そのベースラインは
     x ..... y
の位置です。それに，minipage環境を[t]オプションで並列しますと，
hyperref がないときは，上記ベースラインに揃って配置されます。

一方，hyperref を読み込みますと，
minipage のベースラインは下がってしまいます。
分数があればその分も余計に下がるようです。

下のリストは，emath とは無関係であることにご留意願います。 
すなわち，ご指摘の現象は hyperref の方の問題ではないでしょうか。

▼関連発言
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└◆1167:yokoenumerate と hyperref の併用 [伊藤 輝明] 05/31 13:36
　└◆1168:Re:yokoenumerate と hyperref の併用 [tDB] 05/31 17:52
　　└◆1169:Re[2]:yokoenumerate と hyperref の併用 [tDB] 05/31 17:55
　　　└◆1170:Re[3]:yokoenumerate と hyperref の併用 [伊藤　輝明] 05/31 18:45<-last