> グラフの部分だけをカラーにしようと
> \color{red}を使ったら軸を含めて赤くなったので

軸の描画は，
    \end{zahyou}
で実行されますから，
    \color{red}
の影響を受けます。

> 後のほうで\color{black}をいれてみたところ
> 直線だけを赤くすることができました。
> この解決方法は正しいのでしょうか？

これでもよいですが，色の変更を局所的にするには，
グルーピングをすればよいでしょう。
下のその例を書きます。
ただし，zahyou環境に限定した話で，
pszahyou環境ではその限りではありません。

% ---------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emathPxy}

\begin{document}
 \begin{zahyou}%
  [ul=5mm,tatezikuhaiti={[n]},yokozikuhaiti={[e]}
  ,Ueyohaku=2zw]%
  (-5,5)(-5,5)\footnotesize%
  \KuromaruHankei{1.5pt}%
  %\Drawline{\RB\RT\LT\LB\RB}
  \xmemori{4}%
  \xmemori{-4}%
  \ymemori{4}%
  \ymemori{-4}%
  \zahyouMemori[g][n]<sensyu=\drawline>%
  \def\A{(4,4)}%
  \def\B{(0,-2)}%
  \def\C{(0,1)}%
  \def\D{(3,-1)}%
  {% このグルーピング内でのみ色が変更される。
          \color{red}
          \Tyokusen\A\B[y]\ymin[y]\ymax\Put\migiT[e]{\maru{ア}}
          \Tyokusen\C\D\xmin\xmax\Put\migiT[e]{\maru{イ}}%
  }%
  \end{zahyou}%
\end{document}

▼関連発言
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└◆1237:図を赤くしたい関連 [beginner] 06/17 16:36
　└◆1238:Re:図を赤くしたい関連 [tDB] 06/17 16:49
　　└◆1242:Re[2]:図を赤くしたい関連 [beginner] 06/17 18:09<-last