> \saikoro{1}を含むTeXからPDFファイルを作ると，
> 丸が黒丸ではなく白丸になってしまいます．

PDF ファイルの作成法も問題になるかと思いますので
提示していただけると検証がしやすくなります。
私の環境
Win Xp
Adobe Reader 6.02 において
1. dvi -> dvipdfmx
2. dvi -> adobe pdf
3. dvi -> ps -> adobe pdf
いずれの場合も黒丸だったことをお伝えします。

問題点の切り分けの意味から
\usepackage を簡素化した
次のソース程度で結果は異なるでしょうか。
# jsarticle も jarticle にした方がさらにベターかも

\documentclass{jsarticle}
\usepackage{itembbox}%サイコロ
\usepackage{emathP}
\begin{document}
\saikoro{1}　\scalebox{0.7}{\saikoro{2}}　\scalebox{0.8}{\keytop{$\overline{\bullet}$}}
\end{document}

▼関連発言
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└◆1521:\saikoro{1}を含むTeXからのPDFファイル [tad] 08/05 20:07
　├◆1522:Re:\saikoro{1}を含むTeXからのPDFファイル [石原　守] 08/05 20:22
　│└◆1524:Re[2]:\saikoro{1}を含むTeXからのPDFファイル [石原　守] 08/05 21:04
　├◆1523:Re:\saikoro{1}を含むTeXからのPDFファイル [田中徹] 08/05 20:58
　└◆1525:Re:\saikoro{1}を含むTeXからのPDFファイル [tad] 08/05 21:54<-last