emathPh.sty で定義されている \saikoro は，
ascmac.sty の \keytop を利用しています。
この \keytop 自体が乱れているようです。
下のリストをタイプセットした結果，私の環境では
    枠線，上ふたの部分と左右縦罫線が少し離れている
ように見えます。
（拡大するとはっきりしてくるでしょう。)

なお，下のリストには emath は入っていません。
すなわち，この乱れに関して，emath は関わっていないという確認です。

% --- ex1.tex --------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{ascmac}

\begin{document}
\keytop{A}
\end{document}

▼関連発言
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└◆1528:\saikoro の枠線 [tDB] 08/06 09:40
　└◆1529:ascmac.sty の \keytop [tDB] 08/06 09:45
　　└◆1530:okumacro.sty の \keytop [tDB] 08/06 09:52
　　　└◆1531:Re:okumacro.sty の \keytop & eepic.sty [tDB] 08/06 09:57
　　　　└◆1532:itembbox.sty v 0.17 2004/08/05 [tDB] 08/06 10:06
　　　　　└◆1533:Re:\saikoro の枠線 乱れ解消の確認 [tDB] 08/06 10:08
　　　　　　└◆1534:Re[2]:\saikoro の枠線 乱れ解消のお礼 [tad] 08/06 13:05<-last