>   以下のリストをタイプセットすると、私の環境では矢印が期待する位置（原
> 点のすぐ左）よりずっと下がって見えます（目測で 1.5cm くらい）。

はい，これは[w]オプションの仕様です。(^^ゞ
[w]オプションによる配置は[rc]すなわち
基準点に対し
     横方向は右詰め
     縦方向はセンタリング
となっていますから，矢線の高さの半分，下に下がった感じとなります。

>   しかし、位置補正オプションをまるまる削って
> 
>   \Put\O{\Yasen\A}%
> 
> のようにすれば、期待通り原点から矢印が生えるようになります。

この場合は[lb]オプションと同じで，
基準点に対し
    横方向は左詰め
    縦方向は下詰め
となります。

>   \Put\O(-1mm,0){\Yasen\A}%

この場合は[lc]オプションとみなされ
基準点に対し
    横方向は左詰め
    縦方向はセンタリング
となってしまいますから，

    \Put\O(-1mm,0)[lb]{\Yasen\A}%

とすれば，左に1mmずらすことが可能です。

% ----- re3199.tex --------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emathPh}
\begin{document}
\setlength{\unitlength}{1cm}
\begin{zahyou}(-1,3)(-1,3)
  \def\A{(2,3)}%
  \Put\O(-1mm,0)[lb]{\Yasen\A}%
\end{zahyou}
\end{document}

▼関連発言
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└◆3198:--- [---] 06/05 23:00
　└◆3199:Yasen と Put の位置補正 [井汲 景太] 06/05 23:08
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　　　└◆3206:Re[2]:Yasen と Put の位置補正 [井汲 景太] 06/06 15:00<-last