すでに解決済みで、
この場面では、その方法が簡潔です。

作者として、一般論を述べておきます。

\sya(#1)[#2][#3]
において
　　#1 で w=... を使用し
かつ
    #3 を使用する
ことは，当方の想定外でした。(^^ゞ

すなわち
    #1 で w=... を使用
したとき，高さも指定するには
    #1 に V=... を併記
する方式を想定しています。
このあたり、ドキュメントが不十分なところです。ｍ(__)ｍ

お示しのリストの場合は
下の re3376.tex のようにするということです。

なお，emathT.sty の次版では
    #1 で w=...
    #3 で高さ
の併用も可能としたいとは思っています。

% --- re3376.tex --------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emathT}
\begin{document}
\begin{center}
\begin{Hyou}{|l|l|l|}
\hline
\sya(w=Longuet)[r]  &位相速度 & 振幅値 \\ \hline
Longuet &$F_{max}=1.294$ & $\epsilon=0.790$ \\ \hline
\raisebox{1.75ex}{Tanaka} & \raisebox{1.75ex}{$F_{max}=1.29092$} \rule{0cm}{0.85cm} &
\sya(w={$\epsilon=0.790$},V={\raisebox{1.75ex}{$F_{max}=1.29092$} \rule{0cm}{0.85cm}})[r]%
\\ \hline
\end{Hyou}
\end{center}
\end{document}

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