> \usepackage{emathAe,emathEy}

ロード順ですね。
emathAe.sty は，emathEy.sty の一部を修正します。
お示しのロード順では，それが無効となってしまいます。

\usepackage{emath}
\usepackage{emathEy}
\usepackage{emathAe}

の順を推奨しておきます。

emath.sty から，enumerate.sty が読み込まれ，
emathEy.sty でそれを修正し
emathAe.sty でさらに修正
という手順となります。

▼関連発言
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└◆4112:edaenumerate環境で番号の書式が一致しません [穂積] 12/10 07:11
　└◆4114:Re:edaenumerate環境で番号の書式が一致しません [tDB] 12/10 09:43
　　└◆4117:解決いたしました [穂積] 12/10 22:37<-last