> 最新のスタイルファイルに更新したとろ、..
> ..目盛りがずれたり、消えないものが出たりするように..

以前はそうならなかったということでしょうか??
私の環境でも穂積さんの現象は再現します。

対処法ですが
emathAe のオプションについて確認しましょう。

emathAe.sty にある説明の抜粋です
> %   解答を置く位置の指定
> \@ifundefined{c@kaitou@syorihou}{\newcounter{kaitou@syorihou}}{}%
> %                               0: デフォルトは巻末にまとめる．
> % continue                      1: 問題に続けて
> % ignore                        2: まったく無視する(コメント扱い)
> % debug                         3: デバッグ用 (\kaitou は無効コマンド)
> %                                 (edaitemm 環境，\edaitemm コマンドとは
> %                                  併用できません．この場合は
> %                                  continue オプションをご利用ください．)
> % readonly                      4: .kai ファイルを作成はせず，読み込むだけ．
> % nidan                         5: nidan で解答部分を二段組
> % maskAnstrue
> %   continue オプションで，\color{white}として答えを白で印刷
> % maskAnsfalse
> %   continue オプションと同じ。

また、「maskans」をキーワードにして
この掲示板の検索機能を用いると
NO.3239 で tDB さんが 

> ...(略)
> Kaitou環境のサイズ分の空白を出力するには
>     \usepackage[maskAnsfalse]{emathAe}
> を用意しています。
> すなわち
>     [continue] ---> [maskAnsfalse]
>     [ignore]   ---> [maskAnstrue]
> とすれば，お望みの結果が得られるかと思われます。
> ただし，この方式は，[maskAnstrue]の場合，
> 解答を\color{white}で出力しますから，
> ユーザ環境によっては使用できない場合もあるでしょう。

したがって
[maskAnstrue]オプションでは解答を\color{white}を用いて
出力するのですから、
\color(環境)と直接同期のとれない(正しい表現かどうか、ツッコミは勘弁下さい)
pszahyou 環境では先の「使用できない場合も..」にあたると思います。

したがって

1. グラフの解答部を隠すためだけに、Kaitou 環境を用いているのであれば
　 [maskAnstrue] オプションでなく [ignore] を用いる
2. 他の本文でも Kaitou 環境を用いて、レイアウトを保持したいのであれば
　 描画するorしない の切り替えに \begin{Kaitou} 〜 \end{Kaitou} でなく
　 \ifmaskAns\relax\else 〜 \fi で切り替えてはいかがでしょうか。

最後に掲載してあるソースは 2. の方法です。

# 卒業式に合わせたスライドショー作成の逃避行動に出て
# こんな時間に解答しています。

\documentclass{jarticle}
\usepackage{emathPh,emathEy}
\usepackage[debug]{emathPs}
%\usepackage[maskAnsfalse]{emathAe}
\usepackage[maskAnstrue]{emathAe}

\begin{document}
\def\KaitouTTL{\relax}
\begin{edaenumerate}[(1)]
  \item 
    \begin{pszahyou}[ul=12mm,haiti=t](-.5,2)(-1.5,1.5)
      \small
      \zahyouMemori[g][n]<linewidth=0>
      \xmemori{1}
      \ymemori{1}
      \ymemori{-1}
      \Put{(1.8,0)}{\kaitenkigou}
\ifmaskAns\relax\else
        \def\tyusin{(1,0)}
        \def\A{(0,1)}
        \def\B{(0,-1)}
        \def\C{(1,-1)}
        \def\D{(1,1)}
        \setlinewidth{7}
        \Put\tyusin{\Daenko{.2}{1}{-90}{90}}
        \Daen\O{.2}{1}
        \Drawline{\A\D}
        \Drawline{\B\C}
        \setdash{.1,.1}
        \Put\tyusin{\Daenko{.2}{1}{90}{270}}
        \setdash{}
\fi
    \end{pszahyou}
  \item 
    \begin{zahyou}[ul=12mm,haiti=t](-.5,2)(-1.5,1.5)
      \small
      \zahyouMemori[g][n]
      \xmemori{1}
      \ymemori{1}
      \ymemori{-1}
      \Put{(1.8,0)}{\kaitenkigou}
\ifmaskAns\relax\else
        \def\tyusin{(1,0)}
        \def\A{(0,1)}
        \def\B{(0,-1)}
        \def\C{(1,-1)}
        \def\D{(1,1)}
        \Put\tyusin{\Daenko{.2}{1}{90}{270}}
        {\thicklines
          \Put\tyusin{\Daenko{.2}{1}{-90}{90}}
          \Put\tyusin{\Daenko<hasen=[1][1]>{.2}{1}{90}{270}}
          \Daen\O{.2}{1}
          \Drawline{\A\D}
          \Drawline{\B\C}
        }
\fi
    \end{zahyou}
  \item 
    \begin{pszahyou}[ul=10mm,haiti=t](-.5,2)(-1.5,1.5)
      \small
      \zahyouMemori[g][n]<linewidth=0>
      \Put{(1.8,0)}{\kaitenkigou}
      \xmemori{1}
      \ymemori{1}
      \ymemori{-1}
\ifmaskAns\relax\else
        \def\tyusin{(1,0)}
        \def\Fx{X**2}
        \def\Gx{-X**2}
        \setlinewidth{7}
        \Put\tyusin{\Daenko{.1}{1}{-90}{90}}
        \YGurafu\Fx{0}{1}
        \YGurafu\Gx{0}{1}
        \setdash{.1,.1}
        \Put\tyusin{\Daenko{.1}{1}{90}{270}}
        \setdash{}
\fi
    \end{pszahyou}
  \item 
    \begin{pszahyou}[ul=4mm,haiti=t](-1.5,6.5)(-1.5,6.5)
      \small
      \zahyouMemori[g][n]<linewidth=0>
      \xmemori{5}
      \ymemori{5}
\ifmaskAns\relax\else
        \def\A{(3,2)}
        \def\B{(3,0)}
        \def\C{(5,4)}
        \def\D{(5,0)}
        \def\Fx{X-1}
        \YGurafu*\Fx
        \Drawline{\A\B}
        \Drawline{\C\D}
        \YNurii*[-45]\Fx{0}{3}{5}
\fi
    \end{pszahyou}
\end{edaenumerate}
\end{document}

▼関連発言
│
└◆4391:zahyou pszahyou環境内で emathAeのオプションが上手く機能しま... [穂積] 02/25 23:14
　└◆4392:Re:zahyou pszahyou環境内で emathAeのオプションが上手く機能.. [田中徹] 02/26 02:29
　　└◆4393:解決いたしました。 [穂積] 02/26 20:36<-last