この件に関しては，emath は無罪です。
下のリストをタイプセットすれば
ご指摘の現象が発生するでしょう。
すなわち，これは LaTeX の仕様です。

もちろん避ける方法はあります。
1) \small とせず，解答も本文と同じサイズにする。
2) \arraystretch を再定義し，改行ピッチを変更する。
3) \extrarowheight の値を変更する。

さて，どれにしましょうか ？

% -----------------------------------
\documentclass{article}

\begin{document}
\small
$
\begin{array}{rcl}
    &   & x^2+x+6 \\ \cline{2-3} 
x-3 & ) & x^3-2x^2+3x-18
\end{array}
$
\end{document}

▼関連発言
│
└◆467:\zyohou で本文中に解答を挿入すると、指数と横線が重なる [穂積] 12/18 19:01
　└◆468:Re:\zyohou で本文中に解答を挿入すると、指数と横線が重なる [tDB] 12/18 19:55
　　├◆469:Re[2]:\zyohou で本文中に解答を挿入すると、指数と横線が重.. [石原　守] 12/18 20:47
　　└◆470:Re[2]:\zyohou で本文中に解答を挿入すると、指数と横線が重.. [穂積] 12/19 09:29<-last