> \begin{Hyou}{|R{6zw}|l|}\hline 

この場合は，列幅は \EMcell には伝わりません。

> マニュアルどおりにやったつもりではいるのですが、

sampleP.tex では

> \begin{Hyou}{|*3{C{2zw}|}}\hline

この場合は伝わります。
欄指定部で，*{n}{...} のように`*'を用いて複数の列幅を指定しているからです。

対策は，列幅を直接 \EMcell のオプションで記述することです。
第1列は R{6zw} とありますから
     \EMcell[W=6zw].....
と指定します。第2列は `l' となっていますから，その列の最長の項目を見て
     \EMcell[w=$10000=2^4$]....
と指定すればよいでしょう。
---> re5203a.tex

もっとも，お示しの例では
    \EMcell を使うよりは，\multicolumn
の方が簡潔ですが，．．．．．
---> re5203b.tex

%--- re5203a.tex ------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emath,emathT}
\begin{document}
\begin{Hyou}{|R{6zw}|l|}\hline 
  \multicolumn{2}{|l|}{$(a)$整数部}      \\\hline
  \EMcell[W=6zw]{c}{10進数} & \EMcell[w={$10000=2^4$}]{c}{2進数} \\\hline
  0                  & 0                 \\\hline
  1                  & $1=2^0$           \\\hline
  16                 & $10000=2^4$       \\\hline
\end{Hyou}
\end{document}

%--- re5203b.tex ------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emath,emathT}
\begin{document}
\begin{Hyou}{|R{6zw}|l|}\hline 
  \multicolumn{2}{|l|}{$(a)$整数部}      \\\hline
  \multicolumn{1}{|c|}{10進数} & \multicolumn{1}{c|}{2進数} \\\hline
  0                  & 0                 \\\hline
  1                  & $1=2^0$           \\\hline
  16                 & $10000=2^4$       \\\hline
\end{Hyou}
\end{document}

▼関連発言
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└◆5203:\EMcell を用いても文字位置が変わらないのですが [穂積] 09/09 00:09
　└◆5204:Re:\EMcell を用いても文字位置が変わらないのですが [tDB] 09/09 09:23
　　└◆5205:理解できました。ありがとうございました。 [穂積] 09/09 15:55<-last