> align*環境でKaitouコマンドを使用したいと思うのですが，

それは無理な注文です。

> \item の数式とKaitouコマンドの中にある数式の＝が揃いません。

揃える必要はないと思います。
下の re5292a.tex で十分ではないでしょうか。

無理やり揃えるとなると，
    Kaitou環境を minipage環境でくるみ，
それを
    \hspace*{-...}
で左に引っ張るのでしょうか。
re5292b.tex はお見せしたくないリストです。

【お願い】
全リストを示してください，
とはお願いしましたが，質問に関係ない部分は削ってください。
プリアンブルは下のリストのように．．．．．

% --- re5252a.tex -----------------------------------------
\documentclass[fleqn]{jarticle}

\usepackage{emathPh}
\usepackage{emathEy}
\usepackage[maskAnsfalse]{emathAe}

\pagestyle{empty}

\begin{document}
\begin{enumerate}[\protect\Huge\expandafter\fbox 1]
\item~~{\Large 次の方程式を解きなさい。[表現・処理]~~各３点\par}
\begin{edaenumerate}<retusuu=2,gyoukan=-5mm>[(1)]
\item~~$\bunsuu{x-3}{2}-\bunsuu{x+1}{3}=1$\vspace{1mm}
\begin{Kaitou}
\large
\begin{align*}
\left\{\bunsuu{x-3}{2}-\bunsuu{x+1}{3}\right\} \times 6&=1\times6\\[3mm]
\bunsuu{\Teisei{6}{3}(x-3)}{\Teisei{2}{1}}-\bunsuu{\Teisei{6}{2}(x+1)}{\Teisei{3}{1}}&=6\\
3x-9-2x-2&=6\\
3x-2x&=9+6\\
x &=15\vspace{1mm}\\
\end{align*}
\end{Kaitou}
\end{edaenumerate}
\end{enumerate}
\end{document}
% --- re5252b.tex -----------------------------------------
\documentclass[fleqn]{jarticle}
\usepackage{emathPh}
\usepackage{emathEy}
\usepackage[maskAnsfalse]{emathAe}

\pagestyle{empty}

\begin{document}
\begin{enumerate}[\protect\Huge\expandafter\fbox 1]
\item~~{\Large 次の方程式を解きなさい。[表現・処理]~~各３点\par}
\begin{edaenumerate}<retusuu=2,gyoukan=-5mm>[(1)]
\item~~$\bunsuu{x-3}{2}-\bunsuu{x+1}{3}=1$\vspace{1mm}

\hspace*{-18mm}
\begin{minipage}{\linewidth}
\begin{Kaitou}
\large
\mathindent=0pt
\begin{align*}
\left\{\bunsuu{x-3}{2}-\bunsuu{x+1}{3}\right\} \times 6&=1\times6\\[3mm]
\bunsuu{\Teisei{6}{3}(x-3)}{\Teisei{2}{1}}-\bunsuu{\Teisei{6}{2}(x+1)}{\Teisei{3}{1}}&=6\\
3x-9-2x-2&=6\\
3x-2x&=9+6\\
x &=15\vspace{1mm}\\
\end{align*}
\end{Kaitou}
\end{minipage}
\end{edaenumerate}
\end{enumerate}
\end{document}

▼関連発言
│
└◆5292:align*環境でKaitouコマンドを使用する [kimu] 10/30 22:20
　└◆5294:Re:align*環境でKaitouコマンドを使用する [tDB] 10/30 22:48
　　└◆5302:形式より内容 [tDB] 11/01 08:23<-last