epic, eepic のバージョンが古いのが原因です。

> ) (c:/usr/local/share/texmf/tex/jlatex209/tools/eepic.sty
> Extension to Epic and LaTeX. Version 1.1b - Released Febrary 7, 1988

このバージョンは空白の混入が発生します。
それが「ずれ」の原因です。

当サイトの目次から
　　その他
　　　　1. emath で必要とするスタイルファイル
とたどった先頭
　　eepic.lzh
をダウンロードし，解凍して得られる
　　epic.sty
　　eepic.sty
を
　　emath.sty
などと同じディレクトに移してください。
その上で，No.5460 で示した re5456.tex を再度タイプセットすると
どんな結果となりますか。

▼関連発言
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└◆5436:修正パック061218のemathPh.sty [石原　守] 12/29 06:43
　├◆5437:Re:修正パック061218のemathPh.sty [tDB] 12/29 09:16
　│└◆5438:Re[2]:修正パック061218のemathPh.sty [石原　守] 12/29 10:01
　└◆5456:Re:修正パック061218のemathPh.sty [KON] 01/06 14:07
　　└◆5457:Re[2]:修正パック061218のemathPh.sty [tDB] 01/06 16:10
　　　└◆5458:Re[3]:修正パック061218のemathPh.sty [KON] 01/06 19:49
　　　　├◆5459:訂正 [KON] 01/06 19:55
　　　　└◆5460:Re[4]:修正パック061218のemathPh.sty [tDB] 01/06 20:19
　　　　　└◆5461:Re[5]:修正パック061218のemathPh.sty [KON] 01/06 20:45
　　　　　　└◆5462:eepic のバージョンにご注意 [tDB] 01/06 21:05
　　　　　　　└◆5463:Re:eepic のバージョンにご注意 [KON] 01/06 21:36
　　　　　　　　└◆5464:Re[2]:eepic のバージョンにご注意 [tDB] 01/06 22:02<-last