\houteisiki は edaenumerate環境内では使用できません。

理由：edaenumerate環境は，
　　　　最後の list環境でなければならない
　　　に抵触します。
　　　（\houteisiki は内部で trivlist 環境を用いています。）

回避策：\houteisiki に代えて \amshouteisiki を用います。

% --- re5540.tex ----------------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emath,emathEy}
\begin{document}
\begin{edaenumerate}[(1)]
  \item $\amshouteisiki{y=x}$
\end{edaenumerate}
\end{document}

▼関連発言
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└◆5540:houteisikiとedaenumerate環境 [genio] 01/17 14:10
　├◆5541:--- [---] 01/17 14:50
　└◆5542:Re:houteisikiとedaenumerate環境 [tDB] 01/17 14:53
　　├◆5548:Re[2]:houteisikiとedaenumerate環境 [genio] 01/17 17:16
　　└◆5552:--- [---] 01/18 13:24
　　　└◆5554:--- [---] 01/19 13:25<-last