> ・上の2列を下の2列の高さと同じにしたい

4行すべてを揃えました。(下の2行に揃えたわけではありません。)
sampleP.pdf 21.6.1 に説明があります。
 
> ・一番下の列の斜線がずれているので直したい

上記のコマンドを用いると \sya コマンドも高さを得られるようです。
幅は ra さんの記述のままです。

# せっかく、emath で拡張された表を用いているので
# 周囲などを太線にしてみました。


%---------------------------------------
\documentclass[a4j,12pt]{jarticle}
\def\baselinestretch{1.2}
\usepackage{emathP}

\begin{document}

{%\renewcommand\arraystretch{1.25}% コメントアウト
\gyoudaka[1zh]{2zh}
$$\begin{hyou}{I>{\gyousityuu}C{4zw}||L{5.5zw}C{2zw}|L{5.5zw}C{2zw}|L{5.5zw}C{2zw}I}\hlineb
\sya(4zw)[r]<\Hyoumidasi{大問}{年}> & あ & 0 & あ & 0 & あ & 0 \\\hlineb
 1 & ああ & 1 & ああ & 1 & ああ & 1 \\\hline
 2 & あああ & 2 & あああ & 2 & 
\begin{emTarray}{l}あああ\\[-.75zh] いいい\end{emTarray} & 2 \\\hline
 3 & ああああ & 3 & 
\begin{emTarray}{l}ああああ\\[-.75zh] いいいい\end{emTarray}& 3 & 
\multicolumn{2}{cI}{\sya(7.5zw+\arrayrulewidth+2\arraycolsep)[r]} \\\hlineb
\end{hyou}$$}
\end{document}

▼関連発言
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└◆5645:表の微調整 [ra] 02/09 01:23
　└◆5646:Re:表の微調整 [田中徹] 02/09 02:21
　　└◆5661:Re[2]:表の微調整 [ra] 02/10 09:44<-last