再現しません。
下のリストをタイプセットした結果も頂点が(3,-7)となりますか？
その場合はログファイルを貼り付けてください。

% --- re5678.tex ------------------------------------
\documentclass{jarticle}%
\usepackage[notMy]{emathPp}%
\listfiles
\begin{document}%
\def\a{0}\def\b{4}%
\begin{zahyou}[ul=5mm](-2,6)(-9,3)%
\def\Fx{X**2-6*X+1}%
\def\dFx{2*X-6}%
\def\xziku{0}%
\YKouten\dFx\xziku{}{}\xi\P%
\YTen[xformat=d,yformat=d]\Fx{\xi}\Pc%
\Put\Pc[syaei=xy]{}
\YGurafu\Fx{\a}{\b}%
\end{zahyou}%
\end{document}

▼関連発言
│
└◆5678:YTenについて [genio] 02/12 22:45
　└◆5679:Re:YTenについて [tDB] 02/13 08:09
　　└◆5680:Re[2]:YTenについて [genio] 02/13 11:55<-last