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> コンパイルを行うときですが、perlを使う場合は"-shell"をつけて、
> perlを使わない場合は何もつけずに実行すればいいのでしょうか？

-shell-escape オプション（省略形：-shell or -sh）
は，
    \write18 --- チャイルドプロセス起動を許可するコマンド --- 
を使用可能とするオプションです。
emath では，これを利用して perl を起動していますが，
\write18 はあらゆるチャイルドプロセスを起動することが出来ます。
悪意を持って作られた tex source を -sh オプションでコンパイルすると
あなたの環境に致命的な被害をもたらすことがあり得ます。
ご用心ください。

▼関連発言
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└◆6168:コンパイルについて [HST] 06/19 23:37
　├◆6170:Re:コンパイルについて [石原　守] 06/20 05:38
　└◆6171:Re:コンパイルについて [tDB] 06/20 08:04
　　└◆6172:解決いたしました [HST] 06/20 18:47<-last