原因はグラフィックドライバの指定が不適切であることと思われます．

グラフィックスは，dvi-ware に依存します．
その違いは，グラフィックドラバにより吸収される
というのが LaTeX の仕様です．

ご指摘の現象は，dvipdfmx を使用した場合に発生するものと思われます．

下のリスト re6553a.tex を dvipdfmx で作成した pdf では，
円の右端から右下に線が延びます．

一方，re6553b.tex では，そのような雑音は入りません．

この違いは，
1) re65553a.tex では
　　\usepackage{graphicx,color}
  と，グラフィックドライバの指定がありません．
  その場合，各環境におけるデフォルトのドライバが使用されます．

2) 一方 re6553b.tex では
　　\usepackage[dvipdfmx]{graphicx,color}
  となっており，グラフィックスドライバに dvipdfmx が使用されます．

% --- re6553a.tex --------------------------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{graphicx,color}
\usepackage{emathPh}

\begin{document}
\rotatebox{90}{abc}
\begin{zahyou}[ul=10mm](-3,3)(-3,3)
\En\O2
\end{zahyou}
\end{document}

% --- re6553b.tex --------------------------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx,color}
\usepackage{emathPh}

\begin{document}
\rotatebox{90}{abc}
\begin{zahyou}[ul=10mm](-3,3)(-3,3)
\En\O2
\end{zahyou}
\end{document}

▼関連発言
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