以下の回答は，
　　修正パック 080126
を前提とします。
また，細目は
　　emathWiki/kotae
ページをご覧ください。

> \kotae で出力される「(答)」をボールド体に変更することは
> 可能でしょうか．

\kotekigou を再定義します。

> align* 環境などでも行末に出力したいのですが，

行末に出力されないのは仕様です。
この仕様は emath の仕様というよりは，AMS の仕様です。
emath では，行末に出力するために \kotae* を用意しています。

▼関連発言
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└◆7017:\kotae について [MYT] 01/25 22:00
　├◆7018:--- [---] 01/26 13:53
　└◆7019:Re:\kotae について [tDB] 01/26 16:09
　　└◆7026:Re[2]:\kotae について [MYT] 01/27 09:56<-last