グルーピングをやめて普通サイズに戻す命令を入れる案です。

\documentclass[a4paper,fleqn]{jarticle}
\usepackage{emathPh}

\begin{document}

\unitlength=20pt
\begin{zahyou}(-2,8)(-2,8)
\footnotesize%
\oresen{%
[A]A(2,0)s;%
[B]B(3,1)se;%
[C]C(3,3)e;%
[D]D(1,5)ne;%
[D$'$]Dd(-1,5)n%
}%
\normalsize% グルーピングをやめて普通サイズに戻す命令を入れる
\HenKo<henkoH=3ex>\C\D{\footnotesize $2 \sqrt{2}$}
\end{zahyou}

\end{document}

▼関連発言
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└◆7658:ラベルの文字サイズ変更 [st] 11/04 16:12
　└◆7659:Re:ラベルの文字サイズ変更 [田中徹] 11/04 17:26
　　└◆7660:Re[2]:ラベルの文字サイズ変更 [st] 11/05 17:45
　　　└◆7661:Re[3]:ラベルの文字サイズ変更 [石原　守] 11/05 18:09
　　　　└◆7662:Re[4]:ラベルの文字サイズ変更 [st] 11/06 08:41<-last