> センター試験09のうち、
> 
> 0000200910
> 0000200911
> 0000200912
> 
> の三本だけ、

この3つに共通しているのは
　　ruby.sty
ですか。
CJKパッケージに含まれている ruby.sty は，emath とは併用できないでしょう。
もし，そうなら，当サイトの目次から
　　その他
　　　　1. emath で必要とするスタイルファイル
にあるものを使ってみてください。

それでも駄目なら，下のリスト re8019.tex をタイプセットして得られるログファイル
　　re8019.log
を貼り付けてください。

% --- re8019.tex --------------------------
\documentclass[fleqn]{jarticle}
\usepackage{graphicx,color}
\usepackage{hako}
\usepackage[remake,Pk]{emathPs}
\usepackage{ruby}
\usepackage[continue]{emathAe}
\listfiles
\begin{document}
abc
\end{document}

▼関連発言
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└◆8019:センター試験0000200910でエラーがでます。 [K.Okada] 03/09 22:55
　└◆8021:Re:センター試験0000200910でエラーがでます。 [tDB] 03/10 08:09
　　└◆8024:Re[2]:センター試験0000200910でエラーがでます。 [K.Okada] 03/10 10:38<-last