> 少し気になるのが
> ｘ２乗の乗数が横線と少し重なる点です。

このようなときは，
    目に見えない支柱
を建てます。下の例では
    \EMvphantom[2pt]{x^2}
がそれで
    x^2 の高さより 2pt 高い
支柱を立てています。

% ------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{array}
\usepackage{emath}
\begin{document}
\[
  \begin{array}{r@{}c@{\,}l}
    \cline{2-3}
    x-1&\left)\EMvphantom[2pt]{x^2}\right.&x^2-5x+2\\
  \end{array}
\]
\end{document}

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