emath の Wiki によれば
\em(ps)Dottedline 等は
「線分上に文字を等間隔に配置することによって，点線を描画します。」
と、説明にあります。

お示しの例のように
表示の文字列を変更するなどの必要がなければ

\Hasen コマンド または
\Put コマンドの syaei オプションをお使いになれば
懸案の状況は回避できそうです。


\documentclass{jarticle}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[remake]{emathPs}
%\usepackage{multido}

\begin{document}

\begin{pszahyou}[ul=5pt,yscale=3](-2,28)(-2,8)
\setlinewidth{0.3pt}
\XGraph<dash={0.5,0.6},minx=0>{Y*Y}
\YTenPut{sqrt(X)}\xmax[e]{\footnotesize $y= \sqrt{x}$}
\tenretu*{A(16,4);AX(16,0);AY(0,4)}
%%%%\empsDottedline{\AX\A\AY}%%%%%
%\Hasen{\AX\A\AY}%<============================== いずれかを
\Put\A[syaei=xy,xlabel={},ylabel={}]{}%<======== 用いる
\end{pszahyou}

\end{document}

▼関連発言
│
└◆8468:\empsDottedlineでyscaleの影響を0にしたい [st] 12/08 11:50
　├◆8469:Re:\empsDottedlineでyscaleの影響を0にしたい [田中徹] 12/08 16:42
　└◆8470:Re:\empsDottedlineでyscaleの影響を0にしたい [tDB] 12/08 18:54
　　└◆8471:Re[2]:\empsDottedlineでyscaleの影響を0にしたい [st] 12/09 16:32<-last