emath パッケージが作成する作業ファイルが目障りである
という場合は，それらをサブディレクトリに作っておき，
適当な時期にディレクトリごと削除してしまう，
というのが一つの方法です。
具体的には

http://emath.s40.xrea.com/ydir/Wiki/index.php?EMworkfiledir

をご覧ください。

下の例(temp.tex)の場合，emath が作る作業ファイル
    1) hako が作る
        hk@.000
    2) perl との連携ファイル
        temp_d1.pl
        temp_d1.dta
    3) eps ファイル
        temp_e1.eps
はすべて，temp.tex が存在するディレクトリのサブディレクトリ foo
に作成され，利用されます。
temp.tex が存在するディレクトリに作られるものは
    temp.log
    temp.aux
    temp.dvi
    (temp.bak)
のみです。

% --- temp.tex ----------------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[notMy]{emath}
\usepackage{emathPs}
\usepackage{hako}
\usepackage[continue]{emathAe}
%\usepackage{hugahuga}% #9001 参照

\begin{document}
%作業ファイル用ディレクトリの指定(hugahuga.sty に含めてしまうのもありでしょう)
\EMworkfiledir{foo}
%
\openHakoKaiFile
\begin{pszahyou}[ul=10mm](-2.5,2.5)(-2.5,2.5)
        \zahyouMemori[g]
        \calcval{sqrt(2)}\hankei
        \En\O\hankei
\end{pszahyou}
\[ x^2+y^2=\Hako'2' \]
\closeHakoKaiFile
\begin{Kaitou}
        \HakoKaiKata{t}
        \inputHakoKaiFile
\end{Kaitou}
\end{document}

▼関連発言
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└◆9006:emath の作業ファイル始末 [tDB] 07/15 10:57<-last