> 私はこれまでtex用のフォルダをデスクトップ上に作成し，
> その中にstyファイルやtexファイルなどを入れ，そこでコンパイルをしていました．
> dviファイルは当然そのフォルダに生成されましたし，何の問題もありませんでした．

問題がなかったのは運がよかったということですね

> ところが，最近perlとの連携を初めてからC:\usr\local\share\texmf\ptex\platex\baseに
> texのファイルを置かなければ連携されない(理由はよくわかってない)ことになり，
> これまでデスクトップ上で管理していたファイルをこのフォルダに掘り込んで作業をすることになりました．

「管理していた」は「管理していたつもり」です。
例えば Windows のファイル検索機能を用いて *.sty を検索すると
たいていの *.sty ファイルはデスクトップに存在するのでなく
所定のフォルダにあるはずです。

また TeX 関連の実行プログラムの中には 2バイト文字や
空白を含むフォルダ名を苦手とするものもあるので
マイドキュメントなど避ける方が無難です。

> しかし，膨大な量のファイルをこの一か所で管理することは非常に煩わしいのです．

私の環境は、最終 base フォルダと同じレベルで emath フォルダがあり
その他 MePoTeX, yhmath など分割して管理しています。

> いろいろなフォルダに分類したいのですが，どのようにしたら良いのでしょう？

デスクトップにフォルダを作成しておけば
フォルダをすぐに開くことができて便利という意味であれば
エクスプローラー上で emath フォルダを指定して
右クリック => 送る => デスクトップ(ショートカットを作成)
この後はこのショートカットをクリックすれば emath フォルダが開きます。

▼関連発言
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└◆9111:texファイルの保存場所について [airplane] 08/13 20:19
　├◆9112:--- [---] 08/13 20:33
　└◆9113:Re:texファイルの保存場所について [田中徹] 08/13 20:50<-last