texmf-var は、updmap や mktexpk などで自動生成されるファイルの
置き場として意図されているもののようです（参考: 
http://tutimura.ath.cx/ptetex/?%C2%BF%BD%C5TEXMF%A5%C4%A5%EA%A1%BC
）。

したがいまして、emath.sty の置き場としてはふさわしくないように思います。

以下のいずれかが適切だろう、というのが私の見通しです。

(1) ホームディレクトリに texmf というディレクトリ（フォルダ）を作り、
    その中に tex/platex/misc/emath などのサブディレクトリを作る。
(2) 既存の texmf ディレクトリの隣に texmf-local サブディレクトリを
    作り、その中に同様なサブディレクトリを作る。

※ kpsewhich --expand-path=$TEXMF を実行した場合、実行時点で存在しない
   ディレクトリは表示されませんので、実行結果に「ホームディレクトリ/texmf」
   が存在しないユーザーでも、実際に「ホームディレクトリ/texmf」を作れば
   問題なく利用できる場合がほとんどだろうと思います。

▼関連発言
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└◆9216:emath.sty などの置き場所 [tDB] 09/05 17:42
　├◆9217:Re:emath.sty などの置き場所 [石原　守] 09/05 19:08
　│└◆9220:Re[2]:emath.sty などの置き場所 [tDB] 09/05 20:45
　├◆9218:Re:emath.sty などの置き場所 [st] 09/05 19:21
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　├◆9219:Re:emath.sty などの置き場所 [田中徹] 09/05 19:31
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　│└◆9227:Re[2]:emath.sty などの置き場所 [井汲 景太] 09/06 15:35
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　└◆9229:Re:emath.sty などの置き場所 [Kay] 09/07 00:16
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