> [016]
> name=shellescape
> program=C:/texlive/2013/bin/win32/ptex2pdf.exe
> arguments=-l, -ot, "-shell-escape -kanji=utf8 -guess-input-enc $synctexoption", -$fullname
> showPdf=true

arguments=.... の部分に誤りがあります。
次の操作をしてみてください。

TeXWorks を起動し，メニューバーから
編集
　設定
　　タイプセット
　　　タイプセットの方法
とたどり
　shellescape
を選択して，右の
　編集をクリックして，引数欄

-l
-ot
-shell-escape -guess-input-enc $synctexoption
-$fullname

となっている最後の行の頭にある - を削除し
$fullname
とします。
（-$fullname
  とある部分をダブルクリックすると編集可能状態となります。）

当サイト，
  TexWorks で perl との連携
ページの記述に誤りがありましたので，訂正しました。

▼関連発言
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└◆1179:TeXworksで-shell-escapeオプション付加 [山出智士] 04/07 14:16
　├◆1180:Re:TeXworksで-shell-escapeオプション付加 [山出智士] 04/08 07:29
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　　└◆1184:Re[2]:TeXworksで-shell-escapeオプション付加 [tDB] 04/09 18:01
　　　└◆1185:Re[3]:TeXworksで-shell-escapeオプション付加 [山出智士] 04/14 08:21
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　　　　　│└◆1189:Re[6]:TeXworksで-shell-escapeオプション付加 [tDB] 04/17 19:26
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　　　　　│　　└◆1192:Re[8]:TeXworksで-shell-escapeオプション付加 [山出智士] 04/22 09:23
　　　　　│　　　└◆1193:Re[9]:TeXworksで-shell-escapeオプション付... [tDB] 04/22 10:34
　　　　　│　　　　└◆1194:Re[10]:TeXworksで-shell-escapeオプション.. [山出智士] 04/22 15:57<-last
　　　　　└◆1188:Re[5]:TeXworksで-shell-escapeオプション付加 [山出智士] 04/17 18:11