私の環境で UE さんのオプションを同一にして実験しました。
先の検証用のソース1(emathとは無関係)でタイプセットしたところ

See the jsarticle class documentation for explanation.
Type  H <return>  for immediate help.
 ...                                              
                                                  
l.232       {\@ehc}
                   
? 

というエラーを下部にはき出しました。
ソース1では uplatex を想定していません。
-u オプションは uplatex を想定している(はず)ので当然といえます。
UE さんが BBS No.14001 で
> 3つのソースすべて以下の結果となりました。
> C:\texlive\2017\bin\win32\runscript.tlu:732: C:\texlive\2017\bin\win32\runscript.tlu:688: 
> no appropriate script or program found: ptex2pdf
とあったものを再現しようとしましたがだめでした。

何か texwork に，拡張するスクリプトを設定していないでしょうか。
また，mktexlsr 以前は正常に動作することであれば，
deltexlsr を実行し ls-R を削除して，タイプセットしてみることは価値があると思います。

問題を切り分けとして
　TeXのエンジン (platex or uplatex or luatex or ...)
　ソースのエンコーディング (シフトjis or UTF-8 or ... )
などお知らせいただけると，他の方からの回答もつきやすくなるかもしれません。
まず，ソース1(emathとは無関係，uplatexオプションも可)レベルを
正常にタイプセット終了できるようにしましょう。

▼関連発言
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└◆1487:sty ファイルを置いた後タイプセットできない(掲示板の続き [UE] 05/19 22:28
　└◆1488:Re:sty ファイルを置いた後タイプセットできない(掲示板の続き.. [田中徹] 05/19 22:48
　　└◆1489:Re[2]:sty ファイルを置いた後タイプセットできない(掲示板... [UE] 05/19 23:21
　　　└◆1490:Re[3]:sty ファイルを置いた後タイプセットできない(掲示... [田中徹] 05/19 23:46<-last