お示しのソースの 1行目にある fleqn オプションで
定義されている mathindent 量が
> 問題番号と方程式のかっこが離れすぎるのですが...
の原因だと思います。
対処法として
(1) fleqn オプションをはずす
(2) 他の部分では fleqn オプションが重宝しているので
　　局所的に mathindent 量を変更する

以下 (2) を施したソースです。
行末に %%<== を付加したのが追加したものです。
削除した行はありません。
\vspace*{〜} は今回の件とは関係ありませんが
何ヶ月かに1回程度寄せられるものなので
お節介モードに入ってしまいました。

\documentclass[a5j,12pt,fleqn]{jsarticle}
\usepackage{emathP}
\pagestyle{empty}
\begin{document}
 \begin{flushleft}{ああああ}　\underline{ \textbf{いいいい}}
 \end{flushleft}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\begin{enumerate}[\bfseries 問1~]
  \item 次の連立方程式を解きなさい。
{%%<==
\mathindent=0mm%%<==
    \begin{edaenumerate}%
    <gyoukan=20mm>[(1)]
     \item 
          \vspace*{-1.5\baselineskip}%%<==
          \renritu*{-9x+5y &=2\\ -6x+y &=-6}
     \item \renritu*{&4x-y=2\\ &-x+6=7}
     \item \renritu*{&2x+5y=9\\ &2x-6y=7}
     \item \renritu*{&-x-3y=10\\ &3x+2y=-1}
    \end{edaenumerate}
}%%<==
  \item あああああああああああああ
\end{enumerate}
\end{document}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

▼関連発言
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└◆1143:edaenumerate環境下でのrenritu方程式の位置について [zyam] 05/26 06:01
　├◆1144:Re:edaenumerate環境下でのrenritu方程式の位置について [zyam] 05/26 06:08
　├◆1145:Re:edaenumerate環境下でのrenritu方程式の位置について [田中徹] 05/26 07:46
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　　　└◆1148:Re[3]:edaenumerate環境下でのrenritu方程式の位置につい... [zyam] 05/26 16:57<-last