> \kaitou{\setKaienum{edaenumerate}}　において、
> (1)(2)(3)の３つを並べることは可能でしょうか？

横に並べる小問の個数を指定するオプション<3>を付加します：

\kaitou{\setKaienum{edaenumerate<3>}}

> 　また、解答部に分数を入れると、問題番号と小問番号の
> ベースラインがずれてしまいます。うまく解消する方法を教えて
> 頂けないでしょうか？

下の例ではずれていないと思いますが，
ずれる例をお示しください。

% -----------------------------------
\documentclass[a4j]{jarticle}
\usepackage{emath}
\usepackage{emathAe}
\begin{document}
\openKaiFile
\begin{enumerate}[1.~]
  \item 次の式を展開せよ。\kaitou{\setKaienum{edaenumerate<3>}}
    \begin{edaenumerate}[(1)]
      \item $(x+1)^2$
        \begin{Kaitou}
          $\bm{x^2+2x+1}$
        \end{Kaitou}
      \item $(x-\bunsuu13)^2$
        \begin{Kaitou}
          $\bm{x^2-\bunsuu23x+\bunsuu94}$
        \end{Kaitou}
      \item $(x+y)^2$
        \begin{Kaitou}
          $\bm{x^2+2xy+y^2}$
        \end{Kaitou}
    \end{edaenumerate}
\end{enumerate}
\closeKaiFile
\vfill
\begin{center}
【答】
\end{center}
\inputKaiFile
\end{document}

▼関連発言
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└◆2472:解答部のedaenumerate [マッカマン] 01/16 15:29
　└◆2474:Re:解答部のedaenumerate [tDB] 01/16 15:47
　　└◆2477:Re[2]:解答部のedaenumerate [マッカマン] 01/16 17:38
　　　└◆2480:Re[3]:解答部のedaenumerate [tDB] 01/16 22:12
　　　　└◆2483:Re[4]:解答部のedaenumerate [マッカマン] 01/16 23:38<-last