\kagenhou の記述を別行立ての数式にして
\itemtopmath で調整する案です。

itemtopmath については
この掲示板と emath講座の両方に説明があります。

\documentclass[fleqn]{jarticle}
\usepackage{emath}
\mathindent=0mm
\begin{document}
\begin{enumerate}
\item 次の文字式の計算をしなさい。
\begin{edaenumerate}%
<gyoukan=20mm>[(1)]

\item 
\itemtopmath
\begin{equation*}{}%
\kagenhou<M>{1,2,3}+{4,5,6}
\end{equation*}%

\item
\itemtopmath<0.5\baselineskip>
\begin{equation*}{}%
\kagenhou<M>{1,2,3}-{4,2,-1}
\end{equation*}%

\item %
$\kagenhou<M>{1,2,3}-{4,2,-1}$

\end{edaenumerate}
\end{enumerate}
\end{document}

▼関連発言
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└◆2890:edaenumerate環境下での番号の位置について [zyam56] 04/17 11:37
　├◆2891:Re:edaenumerate環境下での番号の位置について [zyam56] 04/17 11:47
　├◆2892:Re:edaenumerate環境下での番号の位置について [田中徹] 04/17 12:52
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　　└◆2895:Re[2]:edaenumerate環境下での番号の位置について [zyam56] 04/17 17:54<-last