適当な場所で
\resetcounter{equation} を発行する
が考えられます。

\documentclass[fleqn]{jsarticle}
\usepackage{emathP}
\usepackage{cases}
\begin{document}
\begin{enumerate}
\item 次の連立方程式を解きなさい。
        \begin{edaenumerate}<retusuu=2,gyoukan=16zw>[(1)]
        \item \itemtopmath 
        \mathindent=0pt
\resetcounter{equation}
        \begin{numcases}{}
        2x-3y=1 \\
        9x-5(x+y)=7
        \end{numcases}
        \item \itemtopmath
        \mathindent=0pt
\resetcounter{equation}
        \begin{numcases}{}
        4x+5y=6 \\
        \bunsuu{1}{10} x - \bunsuu15 y = \bunsuu45 
        \end{numcases}
\end{edaenumerate}
\end{enumerate}
\end{document}

▼関連発言
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└◆3267:連立方程式の式番号 [MAX] 06/20 20:47
　└◆3268:Re:連立方程式の式番号 [田中徹] 06/20 20:53
　　├◆3269:Re[2]:連立方程式の式番号　解決 [MAX] 06/20 20:59
　　└◆3270:Re[2]:連立方程式の式番号 [MAX] 06/20 21:31<-last