現仕様では出来ません。
この際ですから，拡張しましょうか。
実験版ページに置いた
    emath.sty v 1.64
    emathC.sty v 0.27
で対応しました。

P.S. なお，お示しのリストでは，
         \zyohou 
     の第4引数で
         {},
     の個数がおかしいようです。

% --- re4693.tex --------------------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emath}

\begin{document}
$
\zyohou{x^4,{},-2x^2,{},+9}% 被除数
  {x^2,-2\sqrt{2}x,+3}%      除数
  {x^2,+2\sqrt{2}x,+3}%      商
% 商の揃え位置が他と不揃いとなることにご不満の方は，上の1行を次と入れ替え：
%  {x^2,+2\sqrt{2}x\protect\phantom{{}^3},+3\protect\phantom{x^2}}% 商の別表現（お好みで）
  {x^4,-2\sqrt{2}x^3,+3x^2,% 以下，途中式
%  ------------------------
   2\sqrt{2}x^3,-5x^2,{},%
   2\sqrt{2}x^3,-8x^2,+6\sqrt{2}x,%
% ---------------------------------
   3x^2,-6\sqrt{2}x,+9,%
   3x^2,-6\sqrt{2}x,+9,%
% -----------------------
   {},0%
  }
$
\end{document}

▼関連発言
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　└◆4694:Re:zyohouにおける、無理数係数について [tDB] 05/29 16:03
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　　　　└◆4698:Re[4]:zyohouにおける、無理数係数について [Hiro] 05/29 21:45<-last