いろいろなやり方がありますが，

> 各章ごとのKaiFile別々につくることができるのでしょうか？

これがわかりやすいでしょう。

各章ごとに
    \openKaiFile と \closeKaiFile
を繰り返します。できる解答ファイルは
    \jobname.k1, \jobname.k2, \jobname.k3, .......
となりますから，解答の部でそれらを
    \input
で読み込んでいけばよいでしょう。

簡単なサンプルリストです：

% --- re5972.tex --------------------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emath}
\usepackage{emathAe}

\begin{document}
\section{A}
\openKaiFile
aaa

\centerline{\textbf{問題}}
\begin{enumerate}[1.~]
  \item 問題1-1
    \begin{Kaitou}
      解答1-1
    \end{Kaitou}
  \item 問題1-2
    \begin{Kaitou}
      解答1-2
    \end{Kaitou}
\end{enumerate}
\closeKaiFile

\section{B}
\openKaiFile
bbb

\centerline{\textbf{問題}}
\begin{enumerate}[1.~]
  \item 問題2-1
    \begin{Kaitou}
      解答2-1
    \end{Kaitou}
  \item 問題2-2
    \begin{Kaitou}
      解答2-2
    \end{Kaitou}
\end{enumerate}
\closeKaiFile
\clearpage

\centerline{\textbf{解答}}
\resetcounter{section}
\section{}
\input{\jobname.k1}

\section{}
\input{\jobname.k2}
\end{document}

▼関連発言
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└◆5972:巻末の解答を章立てするには？ [pseudokanami] 04/27 17:30
　└◆5973:Re:巻末の解答を章立てするには？ [tDB] 04/27 21:07
　　└◆5974:Re[2]:巻末の解答を章立てするには？ [pseudokanami] 04/27 22:16<-last