> \FOO(3,2)(2,4)
> 
> のようなとき数値 1 が入っているはずの \@Za に \relax を代入してしまって
> 次の行の -1 との比較でエラーになります。

穴があったら...

下記のソースに訂正いたします。

\documentclass{jarticle}
\usepackage{emath}
\begin{document}

\makeatletter
\def\FOO(#1,#2)(#3,#4){%
\def\@Pa{#1}%
\ifnum#1=1\def\@Pa{\relax}\fi%
\ifnum#1=-1\def\@Pa{-}\fi%
\def\@Qa{#3}%
\ifnum#3=1\def\@Qa{\relax}\fi%
\ifnum#3=-1\def\@Qa{-}\fi%
\ISub{#1}{#3}\@Za%
\ISub{#2}{#4}\@Zc%
\ifnum\@Za=1\def\@Za{\relax}%
\else%
\ifnum\@Za=-1\def\@Za{-}\fi%
\fi
%---------------------------------------
$
\begin{array}{@{}rr@{\:=\:}r@{\:}c@{\:}r@{\:}r}%
  &#2&\@Pa{}a&+&b\\
-)&#4&\@Qa{}a&+&b\\\hline
  &\@Zc&\@Za{}a&&
\end{array}
$
}
\makeatother

2~点 $(\retu{3,2})$ と $(\retu{2,4})$ を通る直線の方程式を $y=ax+b$ とすると

\FOO(3,2)(2,4)

\end{document}

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