windowsの場合だけですが，W32TeXは最新の状態で実験してみました。
使用したのはhiiiさんのファイルのプリアンブルを以下のように整理したものです。
emathPのドライバオプションは適宜変更

１　dvipskでpsに，psをdistillerでpdfへ…正常…emath 推奨
２　dvipdfmでpdfへ　　　　　　　　　　…正常
３　dvipdfmx(071205)でpdfへ　　　　　 …異常
４　dvipdfmx(050728)でpdfへ　　　　　 …正常（掲示板#6817参照）
５　dvioutからjustsystem pdf createrへ印刷してpdfへ…正常
６　dvioutからprimo pdfへ印刷してpdfへ…正常

注　５，６は拡大すると図（特に円周）がざらつきます。

\documentclass[a4j,12pt]{jarticle}
\usepackage{emathP}
\usepackage{emathMw}
\usepackage{emathEy}
\pagestyle{empty}
\begin{document}

▼関連発言
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└◆6816:領域の塗りつぶしとpdf [hiii] 12/08 15:36
　└◆6817:Re:領域の塗りつぶしとpdf [石原　守] 12/08 16:50
　　├◆6819:Re[2]:領域の塗りつぶしとpdf [hiii] 12/08 17:27
　　└◆6821:Re:塗りつぶしを使っているファイルの pdf への変換　まとめ.. [石原　守] 12/09 09:48<-last