以下のソースのように、\toukakukigou[#1]<#2>#3<#4><#5>を2回使うと、

オプション<#5>が後ろの\toukakukigouにも反映されてしまうようです。

{\toukakukigou[#1]<#2>#3<#4><#5>}とグルーピングすると、解決するようです。

もし可能なら、グルーピングしなくても済むようにしていただけると便利だと思う

のですが、この点について如何でしょうか。

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\documentclass{jarticle}
\usepackage{emathP}

\begin{document}

\begin{zahyou}[ul=50pt](-1,6)(-1,4)
\oresen{A(2,1)e;B(1,1)w;C(2,2)ne}
\oresen{D(5,1)e;E(4,1)w;F(5,2)ne}
\toukakukigou<0>{\A\B\C}<kakukigou=$\scriptstyle\bullet$>
%{\toukakukigou<0>{\A\B\C}<kakukigou=$\scriptstyle\bullet$>}
\toukakukigou<1>{\D\E\F}
\end{zahyou}

\end{document}

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