> document環境を入れ子にしたときのみのエラーのようですが、

それは，emathR.sty の仕様です。
emathR.sty における
    \ReadTeXFile#1
の動作は次のようになります。

1) ファイル #1 を１行ずつ読み込み
2) 読み込んだ行が，行頭から
\begin{document}
であったら，本気で読み込みを開始します。
（それ以前は，読み捨てられています）
3) 読み込んだ行が，行頭から
\end{document}
であったら，
はい！おしまい。
となります。

おやりになりたいことを実現するには，上の仕様の
　　行頭から
に逆らえばよいということでしょう。
（読み込んでほしい \end{document} の頭に半角空白を付加します。
　釣り合い上．．．．．）

% --- re7555.tex ----------------------------------
\documentclass{jsarticle}
\usepackage{emath}
\usepackage{emathR}
\begin{document}
\ReadTeXFile{re7555sub.tex}
\end{document}

% --- re7555sub.tex -------------------------------
\documentclass{jsarticle}
\begin{document}
\begin{verbatim}
 \begin{document}
 Hello, \TeX.
 \end{document}
\end{verbatim}
\end{document}

▼関連発言
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└◆7555:verbatim環境とemathRの併用について [ふぁける] 09/26 00:34
　├◆7556:Re:verbatim環境とemathRの併用について [石原　守] 09/26 07:56
　└◆7561:Re:verbatim環境とemathRの併用について [tDB] 09/26 15:25
　　└◆7563:Re[2]:verbatim環境とemathRの併用について [ふぁける] 09/26 21:34<-last