> 思った以上に左右の間隔が開くので（

あなたがそのように設定されたのです。
あなたの設定：
        \begin{Zahyou}[(3,-1)][(3,1)][(0,3.1622)](-2,1.5)(-1,1)(0,2)
にしたがって，描画領域は
        -2≦x≦1.5
        -1≦y≦1
         0≦z≦2
の直方体が納められるように設定されます。
  ----> http://emath.s40.xrea.com/temp/re7663a.pdf
をご覧ください。その赤色の直方体が描画領域です。

まあ，空間の場合，実際に描画されるのは，
その直方体いっぱいには拡がらないことが多いのは事実ですから
余白を削りたい，ということはよく発生します。

それを実現するオプションが
    \begin{Zahyou}[Hidariyohaku=...,Ex=x-unitvec,Ey=y-unitvec,Ez=z-unitvec]%
                                (-2,1.5)(-1,1)(0,2)
なのですが，あなたがお使いの
    \begin{Zahyou}[x-unitvec][y-unitvec][z-unitvec]
という書式とは両立できません。
新しい書式については，
    Wiki/Zahyou環境
で解説をしてありますので，そちらをご覧ください。

左余白のみ縮めた例文を下に書きます。
(Hidariyohaku=-5zw と，右辺値に負の値を与えて余白を狭めています）
右，上，下も同様に縮めることができます。

11truemm にすると乱れる件は，当方では再現しません。
emath を修正パック 081101 で更新してみてください。
それでも乱れるのなら，下のリストをタイプセットしたログファイル
re7663.log を貼り付けてください。

% ----- re7663.tex ----------------------------------------
\documentclass[12pt]{jsarticle}
\usepackage{emathP}
\usepackage{emathEy}
\usepackage{emathMw}

\begin{document}
\begin{enumerate}
\item ああああああああああああああああああああああああああああああああああああ
        あああああああああああああああああああああああああああああああああああああ
        あああああああああああああああああああああああああああああああああああああ。
\item \begin{mawarikomi}{}{
        \unitlength6truemm
        \Drawaxisfalse
%%%%% 以下，修正部 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    \begin{Zahyou}[Hidariyohaku=-5zw,%
            Ex={(3,-1)},Ey={(3,1)},Ez={(0,3.1622)}]%
            (-2,1.5)(-1,1)(0,2)
%%%%% ここまで %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
        \def\O{(0,0,0)}
        \def\P{(-.5,.866,.866)}
        \def\Q{(-.5,0,0)}
        \def\R{(-.5,.866,0)}
        \def\Fx{cos(T)}
        \def\Fy{sin(T)}
        \def\Fky{.25*cos(T)}
        \def\Fkz{.25*sin(T)}
        {\thicklines
        \iiiBGurafu\Fx\Fy\Fy{0}{$pi}
        \iiiBGurafu\Fx\Fy{0}{0}{$pi/4}
        \iiiBGurafu(.25)(.15)\Fx\Fy{0}{$pi/4}{$pi}
        \iiiBGurafu(.12)(.06)\Fx\Fy{0}{1.02*$pi}{1.48*$pi}
        \iiiBGurafu(.06)(.03)\Fx\Fy{0}{1.51*$pi}{2*$pi}
        \iiiBGurafu(.12)(.06)\Fx\Fy{2}{.02*$pi}{.48*$pi}
        \iiiBGurafu(.06)(.03)\Fx\Fy{2}{.51*$pi}{$pi}
        \iiiBGurafu(.12)(.06)\Fx\Fy{2}{1.02*$pi}{1.48*$pi}
        \iiiBGurafu(.06)(.03)\Fx\Fy{2}{1.51*$pi}{2*$pi}
        \iiiBGurafu{sqrt(2)/2}{sqrt(2)/2}{T}{0}{sqrt(2)/2}
        \iiiBGurafu(.06)(.03){sqrt(2)/2}{sqrt(2)/2}{T}{sqrt(2)/2}{2}
        \iiiBGurafu(.06)(.03){-sqrt(2)/2}{-sqrt(2)/2}{T}{0}{2}
        \iiiArrowLine{(1.5,0,0)}{(-2,0,0)}
        }
        \iiiBGurafu{-.5}\Fky\Fkz{0}{.25*$pi}
        \iiiDrawline{\R\Q\P\R}
        \iiiDashline{.3}{\R\O}
        \iiiTyokkaku\R[\P]\Q
        \iiiTyokkaku\Q[\O]\R
        \iiiHen_ko\O\R{3}
        \iiiPut{(-2,0,0)}(2truemm,1truemm)[b]{$x$}
        \iiiPut{(-1,0,0)}(0,2truemm)[b]{A}
        \iiiPut{(1,0,0)}(0,-2truemm)[t]{B}
        \iiiPut\O(-2truemm,-2truemm){O}
        \iiiPut\Q(-2truemm,-2truemm){$x$}
        \iiiPut\Q(7truemm,4truemm){$45\Deg$}
        \iiiPut\Q(12truemm,9truemm){$S(x)$}%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
        \iiiKuromaru\O
        \end{Zahyou}}
        　いいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいい
        いいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいい
        いいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいい
        いいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいい
        いいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいい
        いいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいいい。
        \end{mawarikomi}
\item 　うううううううううううううううううううううううううううううううううううううう
        うううううううううううううううううううううううううううううううううううううううう
        うううううううううううううううううううううううううううううううううううううううう。
\end{enumerate}
\end{document}

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