これは emath の仕様です。

そもそも，edaenumerate は，
　　小問が短いから，横に並べよう
というのが出発点です。

　　複数行になる小問を横に並べる
などという事態は想定外です。
（これはもう多段組にすべき場面ではないのでしょうか）

どうしても
　　edaenumerate を使い，行を揃えたい
というのなら，

1) 小問の終わりに \par を置く
あるいは
2) \usepackage[normallineskip]{emath}とする

などという方法もないではありません。

%%% 1 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emathP}
\usepackage{emathEy}

\begin{document}
 \begin{edaenumerate}
  \item \repeatstr{あ}{30}\par
  \item \repeatstr{い}{40}
  \item<1> \repeatstr{う}{50}
  \item<1> \repeatstr{え}{100}
 \end{edaenumerate}
\end{document}


%%% 2 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\documentclass{jarticle}
\usepackage[normallineskip]{emath}
\usepackage{emathP}
\usepackage{emathEy}

\begin{document}
 \begin{edaenumerate}
  \item \repeatstr{あ}{30}
  \item \repeatstr{い}{40}
  \item<1> \repeatstr{う}{50}
  \item<1> \repeatstr{え}{100}
 \end{edaenumerate}
\end{document}

▼関連発言
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└◆7895:edaenumerateにおける行間 [am] 01/30 12:12
　└◆7896:Re:edaenumerateにおける行間 [tDB] 01/30 17:31
　　└◆7897:Re[2]:edaenumerateにおける行間 [am] 01/30 18:25<-last