> \Hako[neko]"シ"

?????
\Hako に対して "シ" オプションをつけたということは
ハコの中の文字を自分で指定したわけですね。
このような場面では，相互参照は無意味でしょう。
参照する場面で，再び \Hako"シ" とすれば良いだけのことです。
書体とか，枠線の太さを変えたければ：

    $(a+\Hako"シ",{\hakosenhaba{.4pt}\ (a+\Hako"\textmc{シ}")^2}$

などとしますか。

ハコ中の文字を自動でつける場面でこそ，相互参照が意味を持つと考えます。

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