edaenumerate環境は実際のところminipge環境なので
本によく書いてある注意が適用されます。ということで，
以下のようにすることになります。

\documentclass{jarticle}
\usepackage{emathEy}

\begin{document}

\begin{edaenumerate}
\item 問題1
\item 問題2 \footnotemark
\item 問題3 \footnotemark
\end{edaenumerate}

\footnotetext[1]{本問は脚注が入ります。}

\footnotetext{本問は脚注が入ります。}

aaa \footnote{本問は脚注が入ります。}

bbb \footnote{本問は脚注が入ります。}

\end{document}

▼関連発言
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└◆8015:edaenumerate環境に\footnote [st] 03/08 05:31
　└◆8016:Re:edaenumerate環境に\footnote [石原　守] 03/08 05:53
　　└◆8017:Re[2]:edaenumerate環境に\footnote [st] 03/08 07:40<-last