\def\A{(1,1)}
\Put\A[e]{$\kaku*[caprm]{X_1 X_2 X_3}$}

とするところを
\tenretu{[$\protect\kaku*[caprm]{X_1 X_2 X_3}$]A(1,1)e}
とするとエラーになるようです。
(\sankakuについても同様です。)

報告までです。

%tex---------------------------------------------------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emathPh}
\usepackage{type1cm}% PS, PDF 作成には必要

\begin{document}

$\kaku*[caprm]{X_1 X_2 X_3}$

\unitlength=20pt
\begin{zahyou}(-5,5)(-5,5)
\def\A{(1,1)}
\Put\A[e]{$\kaku*[caprm]{X_1 X_2 X_3}$}
%\tenretu{[$\protect\kaku*[caprm]{X_1 X_2 X_3}$]A(1,1)e}
\Kuromaru{\A}
\end{zahyou}

\end{document}

%log---------------------------------------------------------------------------
! Argument of \EMkaku@@m has an extra }.
<inserted text> 
                \par 
l.13 ...rotect\kaku*[caprm]{X_1 X_2 X_3}$]A(1,1)e}
                                                  
?

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