空白行をなくし，$a$-->a

にするとうまくタイプセットできましたよ。
\documentclass[a4j,fleqn]{jsarticle}%
\usepackage{emathP}%
\usepackage{emathZ}%
\usepackage{hako}%
\begin{document}
\hakosyokika%
\hakosenhaba{0.4pt}
\maskhakofalse

%\maskHako{\begin{minipage}{25zw}
% $ a $ 
%\begin{zyukeizu}
%\eda{  $ b $  %
%\begin{zyukeizu}
%\eda{ $ c $ }
%\eda{ $ d $ }
%\end{zyukeizu}}
%\end{zyukeizu}
%\end{minipage}}


\maskHako(30zw){%\begin{minipage}{25zw}
a
\begin{zyukeizu}
\eda{  $ b $  %
\begin{zyukeizu}
\eda{ $ c $ }
\eda{ $ d $ }
\end{zyukeizu}}
\eda{ $ c $ %
\begin{zyukeizu}
\eda{ $ b $ }
\eda{ $ d $ }
\end{zyukeizu}}
\eda{ $ d $ %
\begin{zyukeizu}
\eda{ $ b $ }
\eda{ $ c $ }
\end{zyukeizu}}
\end{zyukeizu}
%\end{minipage}
}
\end{document}

▼関連発言
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└◆938:zyukeizuとmaskHako [genio] 04/05 00:04
　├◆942:Re:zyukeizuとmaskHako [gaku] 04/05 09:57
　└◆943:Re:zyukeizuとmaskHako [tDB] 04/05 12:46
　　└◆946:Re[2]:zyukeizuとmaskHako [genio] 04/05 14:07
　　　└◆947:Re[3]:zyukeizuとmaskHako [tDB] 04/05 16:22<-last