> ただ単に，枝分けの区別をしたかったのだと思います。

そのような用途には，

%

などと，空白行ではなく，
   行頭に `%' を置いた行（コメント行）
が有効でしょう。

また，階層を示すには，インデントが有効です。
その一例です：

% --------------------------------------
\documentclass{jsarticle}%
\usepackage{emathZ}%
\usepackage{hako}%

\begin{document}
\hakosyokika%
\hakosenhaba{0.4pt}
\maskhakofalse

\maskHako(30zw){%
  $ a $ 
  \begin{zyukeizu}
    \eda{  $ b $  %
      \begin{zyukeizu}
        \eda{ $ c $ }
        \eda{ $ d $ }
      \end{zyukeizu}%
    }
%
    \eda{ $ c $ %
      \begin{zyukeizu}
        \eda{ $ b $ }
        \eda{ $ d $ }
      \end{zyukeizu}%
    }
%
    \eda{ $ d $ %
      \begin{zyukeizu}
        \eda{ $ b $ }
        \eda{ $ c $ }
      \end{zyukeizu}%
    }
  \end{zyukeizu}
}
\end{document}

▼関連発言
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