Mac機を触っているわけではないので情報提供のみです。

http://www.clas.kitasato-u.ac.jp/~fujiwara/macintosh/customize/texshop.html
ptex2pdf をデフォルトに設定

> TeXShopの「TeXShop」メニュー⇒「環境設定」⇒「詳細」⇒「LaTeX プログラム」の欄に、
> 「uplatex -shell-escape」と書き、次の文章を実行しました。

https://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/texwiki/?ptex2pdf

このの欄を
飯島さんが紹介されたオプションで設定
> ptex2pdf -u -l -ot"-shell-escale"
でいかがでしょうか??

傍目から見ていると、
TeXShop のエンジンの設定が複数箇所あるように思えます。

▼関連発言
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└◆1350:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#12917関連） [のぼりん] 01/03 10:59
　└◆1351:Re:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#12917関連） [田中徹] 01/03 13:20
　　└◆1352:Re[2]:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#12917関連） [のぼりん] 01/03 15:26
　　　├◆1353:Re[3]:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#12917関連） [田中徹] 01/03 16:43
　　　├◆1354:Re[3]:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#12917関連） [飯島　徹] 01/03 17:36
　　　└◆1355:Re[3]:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#12917関連） [のぼりん] 01/03 19:26
　　　　├◆1356:Re[4]:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#12917関連）.. [田中徹] 01/03 20:00
　　　　├◆1357:Re[4]:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#12917関連）.. [飯島　徹] 01/03 20:52
　　　　└◆1358:Re[4]:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#12917関連）.. [のぼりん] 01/04 00:55
　　　　　├◆1359:Re[5]:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#12917関連.. [飯島　徹] 01/04 02:31
　　　　　├◆1360:Re[5]:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#12917関連.. [田中徹] 01/04 11:15
　　　　　└◆1361:Re[5]:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#12917関連.. [のぼりん] 01/04 14:48
　　　　　　└◆1362:Re[6]:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#12917関.. [飯島　徹] 01/04 17:36
　　　　　　　└◆1363:Re[7]:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#12917.. [のぼりん] 01/04 19:32
　　　　　　　　└◆1364:Re[8]:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#129.. [飯島　徹] 01/04 22:21
　　　　　　　　　└◆1365:Re[9]:TeXShopでemathとperlを連携（掲示板#1.. [のぼりん] 01/05 15:08<-last