TeXソースのファイル名を「temp.tex」作成するPDFファイル名を「temp-fig.pdf」とします．
以下のソースを

$ uplatex --jobname=temp-fig temp

とコンパイルし

$ dvipdfmx -o temp-fig.pdf temp-fig

として temp-fig.dvi から temp-fig.pdf を作成する．

%----------------------------------------------------------------------------------------
\documentclass[uplatex,dvipdfmx]{jsarticle}
\usepackage{amsmath,amssymb,mathrsfs}
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
\usepackage[dvipdfmx,svgnames]{xcolor}
\usepackage{emathMw}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{cd}
\pgfrealjobname{temp}%<-追加
\begin{document}
\beginpgfgraphicnamed{temp-fig}%
\begin{tikzcd}
V \arrow [r, hook] \arrow [d, "f"] & C \ell (V, q) \arrow [dl, dotted, "\tilde f"] \\
\mathscr A & \arrow [ul, phantom, "\circlearrowright" near end]
\end{tikzcd}
\endpgfgraphicnamed

%% エラーを出すのでコメントアウト
%\begin{mawarikomi}{}{
%\includegraphics{temp-fig.pdf}%
%}% 14 行目
%$f : V \to \mathscr A$ を、乗法単位元を有する結合的 $k$ 多元環の中への線型写像であって、
%任意の $v \in V$ に対し $f (v) \cdot f (v) = -q (v) 1$ を満たすものとする。
%このとき、$f$ は、$k$ 多元環の準同型 $\tilde f : C \ell (V, q) \to \mathscr A$ に一意に拡大される。
%また、この特性を有する結合的 $k$ 多元環 $C \ell (V, q)$ は、多元環の同型を除き一意に定まる。
%\end{mawarikomi}
\end{document}
%--------------------------------------------------------------------------------------

以下のように修正し
$ ptex2pdf -u -l temp
でコンパイルすると temp-fig.pdf が回りこまれていると思います．

%--------------------------------------------------------------------------------------
\documentclass[uplatex,dvipdfmx]{jsarticle}
\usepackage{amsmath,amssymb,mathrsfs}
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
\usepackage[dvipdfmx,svgnames]{xcolor}
\usepackage{emathMw}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{cd}
\pgfrealjobname{temp}%<-追加
\begin{document}
% もう必要ないのでコメントアウト
%\beginpgfgraphicnamed{temp-fig}%
%\begin{tikzcd}
%V \arrow [r, hook] \arrow [d, "f"] & C \ell (V, q) \arrow [dl, dotted, "\tilde f"] \\
%\mathscr A & \arrow [ul, phantom, "\circlearrowright" near end]
%\end{tikzcd}
%\endpgfgraphicnamed
%
\begin{mawarikomi}{}{
\includegraphics{temp-fig.pdf}%
}% 14 行目
$f : V \to \mathscr A$ を、乗法単位元を有する結合的 $k$ 多元環の中への線型写像であって、
任意の $v \in V$ に対し $f (v) \cdot f (v) = -q (v) 1$ を満たすものとする。
このとき、$f$ は、$k$ 多元環の準同型 $\tilde f : C \ell (V, q) \to \mathscr A$ に一意に拡大される。
また、この特性を有する結合的 $k$ 多元環 $C \ell (V, q)$ は、多元環の同型を除き一意に定まる。
\end{mawarikomi}
\end{document}
%--------------------------------------------------------------------------------------

すべての図をこのように PDF ファイルに加工しておけば長い文書でも短い時間でコンパイルが済みます．
tikzpicture 環境では
\begin{mawarikomi}{%
 \begin{tikzpicture}
  ...
 \end{tikzpicture}
}%
ふがふが
\end{mawarikomi}
でも今のところエラーが出たことはありません．
これだと
\begin{mawarikomi}{%
 \beginpgfgraphicnamed{temp-fig}%
 \begin{tikzpicture}
  ...
 \end{tikzpicture}
 \endpgfgraphicnamed
}%
\end{mawarikomi}
と tikzpicture 環境を \beginpgfgraphicnamed と \endpgfgraphicnamed で囲んで
コンパイルして問題ありません．

▼関連発言
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└◆1366:#12932 mawarikomi と tikzcd でのエラーに関して [飯島　徹] 01/06 00:51
　├◆1367:Re:#12932 mawarikomi と tikzcd でのエラーに関して [飯島　徹] 01/06 00:57
　├◆1368:Re:#12932 mawarikomi と tikzcd でのエラーに関して [飯島　徹] 01/06 01:18
　├◆1369:Re:#12932 mawarikomi と tikzcd でのエラーに関して [飯島　徹] 01/06 02:27
　└◆1370:Re:#12932 mawarikomi と tikzcd でのエラーに関して [のぼりん] 01/06 20:45<-last