> 残念ながら、全く変化なしです。20mmにしても無理でした。原因は分かりません。

話を単純化するために次のソースでは結果がどうなりますか??
(私の環境では、2つめの方の行間が大きくとられています。)

\documentclass[a4paper,fleqn]{jsarticle}
\usepackage{amsmath}
\begin{document}
\abovedisplayskip=2mm
\belowdisplayskip=2mm
\begin{align*}
a+b&=c\\
\intertext{comment}
x+y&=z
\end{align*}
\abovedisplayskip=10mm
\belowdisplayskip=10mm
\begin{align*}
a+b&=c\\
\intertext{comment}
x+y&=z
\end{align*}
\end{document}

▼関連発言
│
└◆199:align環境の行間 [岸本] 12/26 19:45
　└◆200:Re:align環境の行間 [田中徹] 12/26 21:07
　　└◆201:Re[2]:align環境の行間 [岸本] 12/26 21:26
　　　└◆202:Re[3]:align環境の行間 [田中徹] 12/26 21:55
　　　　└◆203:Re[4]:align環境の行間 [岸本] 12/26 22:24
　　　　　└◆204:Re[5]:align環境の行間 [田中徹] 12/27 00:04
　　　　　　└◆205:Re[6]:align環境の行間 [岸本] 12/27 08:25
　　　　　　　└◆206:Re[7]:align環境の行間 [田中徹] 12/27 08:32
　　　　　　　　└◆208:Re[8]:align環境の行間 [岸本] 12/27 10:27
　　　　　　　　　├◆209:Re[9]:align環境の行間 [田中徹] 12/27 12:02
　　　　　　　　　│└◆211:Re[10]:align環境の行間 [岸本] 12/27 13:04
　　　　　　　　　│　└◆212:Re[11]:align環境の行間 [田中徹] 12/27 13:44
　　　　　　　　　│　　└◆215:Re[12]:align環境の行間 [岸本] 12/27 14:48
　　　　　　　　　└◆217:Re[9]:align環境の行間 [トノ] 12/27 16:52<-last