> このような現象がおこる原因は、small にしているから
> だと思われます。

だから，具体的なソースリストを示すことが解決の早道なのです。
下のリストで行列の括弧は表示されますか。

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\documentclass{jarticle}
\usepackage{amsmath}
\begin{document}
\small
\[ \begin{pmatrix} a \\ b \end{pmatrix} \]
\end{document}

▼関連発言
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└◆1680:dvipdfmx,\baaiwake,リーダー罫 [junichi] 09/01 10:12
　└◆1681:Re:dvipdfmx,\baaiwake,リーダー罫 [tDB] 09/01 12:53
　　└◆1682:Re[2]:dvipdfmx,\baaiwake,リーダー罫 [junichi] 09/01 15:36
　　　├◆1683:Re[3]:dvipdfmx,\baaiwake,リーダー罫 [tDB] 09/01 16:02
　　　│└◆1684:Re[4]:dvipdfmx,\baaiwake,リーダー罫 [junichi] 09/01 16:08
　　　│　└◆1685:Re[5]:dvipdfmx,\baaiwake,リーダー罫 [tDB] 09/01 16:17
　　　│　　└◆1687:Re[6]:dvipdfmx,\baaiwake,リーダー罫 [junichi] 09/01 16:57
　　　│　　　└◆1689:cmex9 [tDB] 09/01 17:11
　　　│　　　　├◆1690:補足 [tDB] 09/01 17:12
　　　│　　　　└◆1691:補足2 [tDB] 09/01 17:14
　　　└◆1686:Re[3]:dvipdfmx,\baaiwake,リーダー罫 [石原　守] 09/01 16:45
　　　　└◆1688:Re[4]:dvipdfmx,\baaiwake,リーダー罫 [junichi] 09/01 16:58
　　　　　├◆1692:Re[5]:dvipdfmx,\baaiwake,リーダー罫 [石原　守] 09/01 17:58
　　　　　└◆1698:Re[5]:dvipdfmx,\baaiwake,リーダー罫 [junichi] 09/01 23:13
　　　　　　├◆1699:Re[6]:dvipdfmx,\baaiwake,リーダー罫 [石原　守] 09/02 08:02
　　　　　　└◆1701:Re[6]:dvipdfmx,\baaiwake,リーダー罫 [tDB] 09/02 09:14
　　　　　　　└◆1702:Re[7]:dvipdfmx,\baaiwake,リーダー罫 [junichi] 09/02 10:04<-last