1. 樹形図内に限らず，
  \footnote が使えない場面では
      \footnotemark
      \footnotetext
  の組合せで対処する，
  というのが LaTeX の流儀のようです。
  （ emath は無関係です。）

2. \eda の中で改行したいときは
  \eda の引数を \parbox などに収納しておきますが，
  配置が面倒で，樹形図も均一でなくなりますから
  お勧めはできません。

3. \footnote の番号付けを変更するには
  \thefootnote を再定義します。
  （これも LaTeX の機能で，emath とは無関係です。
    詳しくは，LaTeX の参考書をご覧下さい。）
  ex3-1. \renewcommand{\thefootnote}{(\arabic{footnote})}
  ex3-2. \renewcommand{\thefootnote}{\fnsymbol{footnote}}

1, 2 の例文です：

%-----------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emathZ}
\begin{document}
\zyukeizuKata{k}

項目
\begin{zyukeizu}
        \eda{項目1\footnotemark}
        \eda{\raisebox{-\baselineskip}{\EMparbox{項目2\\ \footnotesize\hspace{1zw}注釈2}}}
        \eda{項目3}
\end{zyukeizu}
\footnotetext{注釈1}
\end{document}

▼関連発言
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└◆3182:樹形図の脚注について [オキ] 06/05 13:22
　└◆3185:Re:樹形図の脚注について [tDB] 06/05 13:50
　　└◆3188:Re[2]:樹形図の脚注について [オキ] 06/05 16:28
　　　└◆3191:Re[3]:樹形図の脚注について [tDB] 06/05 17:35
　　　　└◆3193:Re[4]:樹形図の脚注について [オキ] 06/05 19:23<-last