> LaTeXの機能に詳しい書籍をご紹介していただけましたら幸いです。

http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/texwiki/?TeX%E3%81%AE%E6%9C%AC

に書籍案内があります。
その中から

1) Lamport 『文書処理システムLaTeX2e』 阿瀬はる美訳
（ピアソン・エデュケーション，1999年，3000円，ISBN4-89471-139-7） 
            ……LaTeX2e の原典です。

2) Goossens，Mittelbach，Samarin 『The LaTeXコンパニオン』 
アスキー書籍編集部監訳（アスキー，1998年，ISBN4-7561-1813-5，4800円） 
            ……LaTeX3プロジェクトの金字塔の訳です。

は持っていて損はない書籍と思います。
（いっぺんに２冊は大変でしょうから，まず1)からでしょうか）

> boxnote内では\thefootnoteの再定義が反映されない様子です。
> こちらに関しましても対処法をご教示いただけますと幸いです。

boxnote内は，minipage環境です。
minipage環境における脚注のつけ方は
全体のそれとは別系統となっています。
（ LaTeX の仕様です。
　emath は，脚注に関しては，何の細工もしていません。(＾＾ゞ

全体の脚注をつかさどるカウンタは footnote
minipage 内は                  mpfootnote

脚注をつけるコマンドは，どちらも \footnote
ややこし

例文です。emath は登場しません。

% --- re3188.tex ----------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{ascmac}
\renewcommand{\thempfootnote}{(\arabic{mpfootnote})}

\begin{document}
\begin{boxnote}
本文\footnote{注釈}
\end{boxnote}
\end{document}

▼関連発言
│
└◆3182:樹形図の脚注について [オキ] 06/05 13:22
　└◆3185:Re:樹形図の脚注について [tDB] 06/05 13:50
　　└◆3188:Re[2]:樹形図の脚注について [オキ] 06/05 16:28
　　　└◆3191:Re[3]:樹形図の脚注について [tDB] 06/05 17:35
　　　　└◆3193:Re[4]:樹形図の脚注について [オキ] 06/05 19:23<-last